El 14 de marzo de 2006, un dia después de la ceremonia de proclamación de nuevas autoridades del Partido Colorado, el Presidente de la República, doctor Nicanor Duarte Frutos, acudió a la sesión inaugural de la Junta de Gobierno para presenciar por no más de tres horas la elección de la directiva de la Junta de Gobierno y para pedir permiso y dedicarse exclusivamente a sus funciones de Jefe de Estado.
Duarte Frutos ocupó por unos instantes la silla presidencial y solicitó que dos miembros, el diputado Arístides Da Rosa y el ministro Roberto González, ocuparan en forma interina las secretarías políticas, cargos que luego les fueron confirmados y a los que se sumaría el diputado Benjamín Maciel Pasotti.
De esta manera se procedió a la elección de la nueva mesa directiva del Partido, recayendo la vicepresidencia primera en la persona de quien hasta ese momento se desempeñaba como ministro de Obras Públicas y Comunicaciones, el doctor José Alberto Alderete. En la oportunidad fueron electos los senadores Juan Carlos Galaverna y Nelson Argaña, como vicepresidente segundo y tercero, respectivamente. Alderete fue electo en el citado cargo por unanimidad de los 70 miembros presentes.
Tras la elección de los 3 secretarios políticos y de los nuevos integrantes de la Comisión Ejecutiva, el saliente presidente del Partido, el senador Herminio Cáceres, se despidió con un discurso en el que destacó la participación popular en las últimas elecciones.
La Comisión Ejecutiva está compuesta por las siguientes personas: Herminio Cáceres, Martín Chiola, Víctor Bogado, Julio Velásquez, Víctor Bernal y Rogelio Benítez.
Seguidamente, Duarte Frutos solicitó al doctor Alderete que lo reemplazara para pronunciar un discurso. “Hoy tengo que pedir permiso para ejercer con intensidad, la pasión y la esperanza de siempre la Presidencia de la República”, señaló en una parte de su alocución. Inclusive, dijo que le hubiera gustado seguir al frente del Partido, pero significó que desde la Presidencia de la República mirará diariamente y hará un seguimiento del trabajo partidario. Demostró su confianza de que Alderete tendrá una buena gestión en la ANR. Por su parte, este último, en plena sesión de la Junta, presentó renuncia al cargo de ministro de Obras Públicas y Comunicaciones para dedicarse, a su vez, plenamente a la conducción de la ANR.
